Eu particularmente conheço o recurso Photomerge do software Photoshop CS. O problema é que além de grande, requerer cadastro, instalação de um java, ainda é gratuito apenas para teste, ou seja, por alguns dias.
Se você não deseja queimar a hipótese acima, o ideal é usar uma aplicação online que não requer cadastro e nem instalação.

Make 3D Photos ensina como fazer fotos em 3D. Precisará tirar duas fotos praticamente idênticas. Tire a primeira foto e, em seguida, mova a câmera para o lado direito e tire uma segunda foto.
Faça o upload das duas fotos para o site clicando nos botões Upload Left Eye photo e upload right eye photo. Em seguida clique em Create 3D photo.
Quando a montagem encerrar, a foto será exibida na tela e você terá a opção de fazer o download, criar uma nova ou enviá-la por email.

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